Dishonored 2 is een game met een lang en meeslepend verhaal vol personages en interessante locaties in de zuidelijke, exotische stad Karnaca. Voordat we ons verdiepen in het centrale verhaal van de game, moeten we opmerken dat dit het resultaat zal zijn van de Low Chaos-playthrough met Emily. Dit betekent dat alle hoofddoelen nog in leven zullen zijn en we onze stad niet effectief hebben gedoemd tot eindeloze plagen van ratten en bloedvliegen. Als je de verschillen tussen High en Low Chaos wilt weten in termen van de daadwerkelijke eindes van de game, kun je hier naar zoeken.
Het verhaal van Dishonored 2 begint enkele jaren na de gebeurtenissen van de oorspronkelijke Dishonored met keizerin Emily Kaldwin, nu een jonge vrouw die samen met haar vader Corvo Attano toezicht houdt op haar koninkrijk. Op de verjaardag van de moord op Jessamine Kaldwin wordt de ceremonie van Emily onderbroken door hertog Luca Abele, de huidige heerser van Serkonos, en zijn soldaten. Hoewel wordt aangenomen dat hij een geschenk zou presenteren, onthult Luca in plaats daarvan dat Emily's tante Delilah Copperspoon nog leeft. Een gewelddadige staatsgreep breekt uit omdat zowel Emily als Corvo worden omringd door soldaten, die eindigt met Corvo in steen en Emily opgesloten in haar studeerkamer.
Emily ontsnapt echter aan haar studie en haalt uiteindelijk een van de verraderlijke hooggeplaatste soldaten uit Dunwall, Ramsey, in, die vervolgens prompt wordt uitgeschakeld en opgesloten in een veilige kamer. Ze ontsnapt vervolgens uit Dunwall via de nu in paniek geraakte straten rondom haar huis en gaat naar de dokken waar een schip genaamd de Dreadful Wale verblijft. De kapitein van het schip, Meagan Foster, verwelkomt Emily en legt uit dat ze een bericht had dat aan Corvo moest worden bezorgd. Emily dringt erop aan dat ze zijn plaats inneemt en ontdekt dat haar oude mentor en mentor, Anton Sokolov, op mysterieuze wijze is verdwenen. In de nasleep van al deze omverwerping stemt ze ermee in om zuidwaarts te gaan naar de stad Karnaca om een plan te formuleren om haar troon terug te nemen.
Emily ontwaakt aan boord van het schip en ontdekt dat de mysterieuze wereld die bekend staat als The Void het heeft overgenomen, wat culmineert in de mysterieuze Outsider die Emily schenkt met zijn merkteken en nieuwe kracht. Nogmaals, Emily ontwaakt in werkelijkheid opnieuw om de stad Karnaca net binnen het zicht te vinden. Meagan legt uit dat hun eerste stap bij het lokaliseren van Sokolov is het onderzoeken van The Crown Killer, die het platteland terroriseert. Meagan heeft het vermoeden dat een alchemist van het Addermire Institute zal weten waar deze gemaskerde slager is en Emily op weg stuurt.
Na het bereiken van Addermire ontdekt Emily dat de alchemist Alexandria Hypatia eigenlijk The Crown Killer is dankzij een gif dat een gespleten persoonlijkheid in haar veroorzaakt. Net voordat ze haar assistent vermoordt, ontdekt Emily dat er een formule is om dit gif tegen te gaan en Hypatia weer normaal te maken. Deze remedie wordt vervolgens gemaakt en opnieuw gebruikt op Hypatia om de wereld van The Crown Killer voor eens en voor altijd te bevrijden, waardoor zij en Captain Foster een nieuwe bondgenoot kunnen krijgen.
Als Emily weer aan boord is van de Dreadful Wale, leert ze van Hypatia dat Karnaca's gekke uitvinder Kirin Jindosh Sokolov heeft opgesloten in zijn landhuis. Emily gaat uiteindelijk naar het landgoed van Jindosh en breekt binnen zonder dat hij het weet, en gebruikt haar training van Corvo om langs de mechanische Clockwork Soldiers te glippen. Uiteindelijk komt ze Jindosh tegen en slaat hem knock-out en plaatst hem in een "reconditioneringsstoel" die wordt gebruikt om zijn hersenen te bakken. Nu zijn herinneringen en zijn vermogen om doodsmachines te maken zijn weggevaagd, gaat Emily naar de kelder en redt Sokolov uit zijn nogal uitgebreide gevangeniscel.
Nu Sokolov is gered, legt hij uit dat de heks die heeft geholpen om Jessamine weer tot leven te wekken, Breanna Ashworth, met haar verbond wordt vastgehouden in The Royal Conservatory. Emily baant zich een weg door de nacht naar dit museum en breekt binnen zonder dat een van de heksen haar opmerkt. Nadat ze een paar van haar bewakers heeft uitgeschakeld, steelt Emily wat lenzen en gebruikt ze op een speciaal apparaat genaamd de Oraculum. Dit item is de bron van Breanna's krachten, dus Emily gebruikt het tegen haar en put het hoofd uit haar energie waardoor ze gedwongen wordt om opnieuw sterfelijk te worden. Door dit te doen, heeft ze ook de andere heksen in het gebouw verdreven, waardoor het volledig leeg is. Uiteindelijk keert ze terug naar Breanna's kantoor en ontdekt dat een man genaamd Stilton de sleutel kan hebben om Jessamine eindelijk te vermoorden.
Na het verkrijgen van deze nieuwe details brengen Sokolov en Captain Foster Emily naar het mijngebied dat bekend staat als The Dust District. Bij wat verkenning vindt Emily de ingang van Stilton's Manor verborgen achter een ongelooflijk uitgebreid slot ontworpen door Jindosh. De vangst is echter dat als iemand slim genoeg is om het raadsel op te lossen, ze er doorheen kunnen. Na verschillende pogingen kraakt Emily de code en gaat naar binnen, om erachter te komen dat het landhuis in een zeer vervallen staat verkeert. Ze is echter niet de enige, aangezien de eigenaar Aramis Stilton door een piano in zichzelf wordt gemompeld.
De Outsider verschijnt dan en legt Emily uit dat dit landhuis zich tussen tijd en dimensies bevindt, wat een mentale inzinking van de eigenaar veroorzaakte. Ze is begiftigd met een uurwerk waarmee ze terug kan kromtrekken tot 1849 en de gebeurtenissen kan ervaren die Jessamine weer tot leven hebben gewekt. Met behulp van haar nieuwe gadget spoort ze uiteindelijk de code op naar het kantoor van Stilton en sluipt naar binnen om het ritueel te vinden. Na getuige te zijn geweest van Jindosh, Luca, Breanna, The Crown Killer en Stilton die Jessamine uit de dood hebben opgewekt, ontdekt Emily dat haar geest gevangen zit in een standbeeld in Luca's huis.
Kapitein Foster neemt Emily vervolgens mee naar de rand van het paleis van de hertog, dat momenteel herstelt van een groot feest. Voordat hij vertrekt, legt Meagan uit dat de hertog een dubbelganger heeft die de idealen van Luca niet echt deelt, dus hij kan een goede bron van informatie zijn. Toen ze eenmaal zijn verdediging had doorbroken, vond Emily het lichaam van de hertog dubbel en overtuigde hem ervan zijn plaats in te nemen en over Serkanos te regeren. Hiervoor zou Emily echter een medaille van de man moeten stelen om te bewijzen dat de bedrieger echt was. Uiteindelijk wordt de echte hertog uitgeschakeld, waardoor hij zijn vervangende tijd krijgt om de bewakers te roepen en te beweren dat Luca in feite het lichaam dubbel was. Hij wordt naar het asiel gestuurd en het lichaam wordt officieel de nieuwe heerser van Serkanos.
Emily's werk is echter niet klaar, terwijl ze vervolgens afdaalt naar de enorme kluis van Luca en het standbeeld lokaliseert waar de ziel van Jessamine in opgesloten zit. Na gebruik te hebben gemaakt van het Hart dat ze van de Buitenstaander heeft verkregen, herwint Emily de geest van Delila zodat ze weer sterfelijk kan worden. Nu de geheimen van haar tegenstanders zijn onthuld, gaan Emily, Meagan en Sokolov terug naar Dunwall voor de laatste confrontatie.
Helaas heeft de stad Dunwall veel betere tijden gekend, omdat de vervallen ruïnes van winkels alleen worden geaccentueerd door de hangende lijken op lantaarnpalen. Nu Delilah's heksen de show leiden, moet Emily haar weg banen door deze nachtmerrie-versie van haar huis, zodat ze haar kroon kan terugwinnen. Nadat ze in haar paleis is ingebroken, ontdekt ze al snel dat als een rune corrupt is, deze kan worden gebruikt om Delilah voor altijd in haar eigen realiteit op te sluiten. Zodra haar rune is gemaakt, gaat Emily naar de troonzaal en zet ze stilletjes de nieuwe rune op haar troon, waarbij ze de magie eromheen vervormt.
Emily gebruikt dan het hart om Delilah haar geest terug te geven en haar te dwingen zich terug te trekken in een schilderij dat ze aan het maken was. Emily volgt en betreedt een nieuwe realiteit waarin honderden stenen figuren de heks aanbidden. Na een heftig gevecht neemt Emily de knock-out Delilah en sleept haar terug naar haar troonzaal, waar de corrupte rune zich vasthoudt. Ze wordt vervolgens naar haar schilderij gestuurd en daar voor eeuwig vastgehouden, waardoor Emily eindelijk haar vader kan bevrijden en opnieuw de troon kan nemen als keizerin.
